Είναι η αρχή που συντονίζει τον προγραμματισμό και την εφαρμογή των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων του ΕΣΠΑ και καθοδηγεί τις Διαχειριστικές Αρχές με στόχο την εξασφάλιση της αποτελεσματικότητας και της νομιμότητας της διαχείρισης και της εφαρμογής των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων.

Ως Εθνική Αρχή Συντονισμού έχει οριστεί η Γενική Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού, Περιφερειακής Πολιτικής και Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών.