Βάσει του με Α.Π. 17205/ΕΥΣ 2512/1-4-2009 εγγράφου με θέμα: "Οδηγίες για τη διαδικασία μετάβασης από την προγραμματική περίοδο 2000-2006 (Γ΄ΚΠΣ) στην προγραμματική περίοδο 2007-2013 (ΕΣΠΑ), για τα έργα που αποσύρονται από το Γ΄ΚΠΣ και δύναται να μεταφερθούν στο σύνολό τους στο ΕΣΠΑ θα πρέπει να λαμβάνεται μέριμνα ούτως ώστε η μεταφορά αυτή να μη δημιουργεί κίνδυνο απώλειας πόρων στο Πρόγραμμα του Γ΄ΚΠΣ.
Η διαδικασία απόσυρσης των έργων από το Γ΄ΚΠΣ ταξινομείται σε δύο κατηγορίες ανάλογα με το εάν έχουν πραγματοποιηθεί πληρωμές και εάν αυτές έχουν λάβει μέρος σε αίτηση πλήρωμής προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
1η κατηγορία έργων: Για τα έργα που έχουν πραγματοποιηθεί πληρωμές οι οποίες έχουν καταχωρηθεί στο ΟΠΣ αλλά δεν έχουν πιστοποιηθεί από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (δεν έχουν λάβει μέρος σε αίτηση πληρωμής), θα πρέπει να εκδοθούν αποφάσεις απένταξης από το ΕΠ του Γ' ΚΠΣ με το αιτιολογικό διαχειριστικοί λόγοι, προκειμένου να ενταχθούν στο ΕΣΠΑ. Η απόφαση απένταξης θα πρέπει να καταχωρηθεί στο ΟΠΣ. Στην περίπτωση αυτή, θα πρέπει να διαγραφούν τα σχετικά μηνιαία δελτία μετά από σχετικό αίτημα στο Help desk και σύμφωνη γνώμη της Αρχής Πληρωμής. Για τις απεντάξεις αυτές δεν εφαρμόζεται η ΚΥΑ υπ.αρ. 907/052/ΦΕΚ878Β/2.67.03 (Εθνικό Σύστημα Δημοσιονομικών Διορθώσεων) γιατί δεν πρόκειται για απένταξη συνέπεια παρατυπίας. Τα έργα αυτά δεν θα εμφανιστούν στην κατάσταση των έργων της τελικής έκθεσης του ΕΠ.
2η κατηγορία έργων: Για τα έργα που έχουν πραγματοποιήσει πληρωμές και έχουν λάβει μέρος σε αίτηση πληρωμής προς την Ευρωπαϊκή Ένωση, θα εκδοθεί απόφαση απένταξης αλλά δεν μπορεί να καταχωρηθεί στο ΟΠΣ γιατί υπάρχουν πληρωμές και τα αντίστοιχα μηνιαία δεν μπορούν να διαγραφούν γιατί έχουν χρησιμοποιηθεί σε αίτηση πληρωμής. Οι δαπάνες της πράξης μηδενίζονται με αντιλογισμό των πληρωμών και στη συνέχεια μηδενίζονται οι προϋπολογισμοί των υποέργων και του έργου. Τα έργα αυτά θα εμφανιστούν στη λίστα των έργων της τελικής έκθεσης με μηδενικό προϋπολογισμό, μηδενικές πληρωμές και μηδενικούς δείκτες εκροών και αποτελέσματος.
Οι έλεγχοι από την Μονάδα Γ ή άλλους φορείς (ΕΔΕΛ, κλπ.) δεν διαφοροποιούν τη διαδικασία που έχει οριστεί βάσει της ως άνω κατηγοριοποίησης. Αυτό σημαίνει ότι αντίστοιχα όλα τα στοιχεία που προκύπτουν από τους Ετήσιους Τακτικούς Ελέγχους (που έχουν ολοκληρωθεί και "κλείσει" στο ΟΠΣ), καθώς και όλα τα άλλα σχετικά στοιχεία που αφορούν το έργο και είναι καταχωρημένά στο ΟΠΣ για το Γ΄ΚΠΣ, θα πρέπει αυτούσια να μεταφερθούν στο ΟΠΣ ως έργο του ΕΣΠΑ και να ακολουθηθούν όλες οι απαραίτητες διαδικασίες όπως περιγράφονται στο σχετικό έγγραφο των Οδηγιών για τη διαδικασία μετάβασης.