1. Βάση του άρθρου 12 της ΥΠΑΣΥΔ, εάν η αρχή που ασκεί καθήκοντα διαχείρισης Επιχειρησιακού Προγράμματος είναι ο ΕΦΔ (με εκχώρηση από την ΕΥΔ), τότε ο καθ’ ύλην αρμόδιος για την έκδοση απόφασης δημοσιονομικής διόρθωσης είναι ο Γενικός ή Ειδικός Γραμματέας που εποπτεύει τον ΕΦΔ.
2. α). Σε κάθε περίπτωση, η έκθεση επαλήθευσης εγκρίνεται από το αρμόδιο ιεραρχικά όργανο διοίκησης του ΕΦΔ που ασκεί καθήκοντα επαλήθευσης (ΔΣ του φορέα). Στην περίπτωση που στην έκθεση επαλήθευσης προτείνεται η ανάκτηση των ποσών που έχουν καταβληθεί αχρεωστήτως ή παρανόμως σε φυσικά ή νομικά πρόσωπα, η έκθεση εγκρίνεται από τον αρμόδιο Ειδικό ή Γενικό Γραμματέα ο οποίος εποπτεύει τον ΕΦΔ ή από τα εξουσιοδοτημένα όργανά του. Στην περίπτωση που ο ΕΦΔ είναι νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου το οποίο δεν εποπτεύεται από Γενικό ή Ειδικό Γραμματέα Υπουργείου, θα πρέπει να προβλεφθεί σχετική αρμοδιότητα έγκρισης της έκθεσης επαλήθευσης στην οποία προτείνεται η ανάκτηση ποσών, στη σύμβαση που υπογράφεται μεταξύ ΕΦΔ και αναθέτουσας αρχής.
   
   β). Η απόφαση δημοσιονομικής διόρθωσης εκδίδεται μετά από διοικητική ή επιτόπια επαλήθευση από το Γενικό ή Ειδικό Γραμματέα που εποπτεύει τον φορέα που ασκεί καθήκοντα διοικητικής ή επιτόπιας επαλήθευσης. Εάν προβλέπεται ανάκτηση αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών στην απόφαση δημοσιονομικής διόρθωσης, την απόφαση ανάκτησης την εκδίδει ο διατάκτης της δαπάνης (υπουργός ή γενικός γραμματέας ο οποίος εποπτεύει το φορέα χρηματοδότησης και την αντίστοιχη ΣΑΕ).
   Στην περίπτωση που ο ΕΦΔ είναι νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου το οποίο δεν εποπτεύεται από Γενικό ή Ειδικό Γραμματέα Υπουργείου, θα πρέπει να προβλεφθεί σχετική διαδικασία δημοσιονομικής διόρθωσης και επιστροφής αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών στις συμβάσεις που υπογράφονται μεταξύ ΕΦΔ και δικαιούχου.
   
   Όταν η επιστροφή των ποσών από στον ΕΦΔ, δεν πραγματοποιηθεί με τους όρους της σύμβασης, θα πρέπει ο ΕΦΔ να ενημερώσει τη ΔΑ και το διατάκτη της δαπάνης και να εφαρμοσθούν οι διαδικασίες που προβλέπονται από το δημόσιο λογιστικό (άρθρο 33 του N. 2362/95). Αρμόδιο όργανο για τον καταλογισμό και την ανάκτηση μη νόμιμων δαπανών, είναι ο κύριος διατάκτης (Υπουργός), ο οποίος αναλαμβάνει υποχρεώσεις σε βάρος πιστώσεων του προϋπολογισμού του ΕΦΔ. Η διαδικασία αυτή πρέπει επίσης να έχει προβλεφθεί στη σύμβαση που υπογράφεται μεταξύ ΕΦΔ και αναθέτουσας αρχής.
3. Η απόφαση δημοσιονομικής διόρθωσης στην οποία προβλέπεται ανάκτηση, αποτελεί εισήγηση προς το διατάκτη για την έκδοση απόφασης ανάκτησης αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών, χωρίς να απαιτείται εκ νέου διαδικασία επαλήθευσης της αιτίας επιστροφής από τον δικαιούχο του προτεινόμενου ποσού. Στην εισήγηση πρέπει να περιλαμβάνονται όλα τα στοιχεία που αναφέρονται στο άρθρο 12 της ΥΠΑΣΥΔ.
4. Τα σημεία 2α και 2β, εφαρμόζονται όταν οι αρμοδιότητες επαληθεύσεων και επιβολής δημοσιονομικών διορθώσεων και ανακτήσεων έχουν εκχωρηθεί στον ΕΦΔ σύμφωνα με το άρθρο 4 του N. 3614/07. Το τρίτο εδάφιο της 2β εφαρμόζεται στις περιπτώσεις που η επιστροφή ποσών δεν πραγματοποιείται σύμφωνα με τους όρους της σύμβασης.
   
   Γενικά θα πρέπει να αποφεύγεται η εκχώρηση αρμοδιοτήτων για μια κατηγορία πράξεων σε περισσότερους από έναν ΕΦΔ. Η μη αναγκαία εκχώρηση μέρους των αρμοδιοτήτων σε περισσότερους από έναν ΕΦΔ, για μια κατηγορία πράξης, δυσχεραίνει το έργο της ΔΑ και την ιχνηλάτηση της διαδρομής ελέγχου.
   
   Στις περιπτώσεις που θεωρείτε ότι εμπλέκονται περισσότεροι από ένας ΕΦΔ σε μια κατηγορία πράξεων, προτείνεται να υπάρξει συνεργασία με την ΕΥΘΥ για την κατά το δυνατόν απλοποιημένη δομή του συστήματος.

Στο άρθρο 33 της ΥΠΑΣΥΔ αναφέρεται ότι τα Ταμεία μπορούν να χρηματοδοτούν δραστηριότητες προπαρασκευής, διαχείρισης, παρακολούθησης, αξιολόγησης, πληροφόρησης και ελέγχου των επιχειρησιακών προγραμμάτων ….

Το κόστος διαχείρισης των ενδιάμεσων φορέων που διαχειρίζονται μέρος του ΕΠ σχετίζεται με τις ενέργειες που καλύπτονται από το άρθρο 33 της ΥΠΑΣΥΔ και είναι επιλέξιμο για χρηματοδότηση μόνο εντός του πλαισίου της Τεχνικής Υποστήριξης της Εφαρμογής (ΤΥΕ) δεδομένου ότι εμπίπτει στα όρια που ορίζονται στο άρθρο 46 του Καν.1083/06. Κατά συνέπεια το εν λόγω κόστος δεν μπορεί να επιβαρύνει μεμονωμένες πράξεις το οποίο.

Στο άρθρο 30 της ΥΠΑΣΥΔ γίνεται αναφορά στις δαπάνες του δικαιούχου που καταβάλλονται για μια συγχρηματοδοτούμενη πράξη και οι οποίες σχετίζονται πραγματικά και άμεσα με την υλοποίησή της, εμπίπτουν στο κόστος του έργου και οι οποίες είναι επιλέξιμες για χρηματοδότηση εκτός του πλαισίου της Τεχνικής Υποστήριξης της Εφαρμογής (ΤΥΕ).